Настройка состоит из 2-х частей настройка на план счетов в системных параметрах - План счетов (закладка торговля):

и параметры модуля:

Рассмотрим последовательно каждую группу параметров:
План счетов:
Такие счета как "Товары на складе", "Товары в магазине", "Тара в торговле" и "Торговая наценка" для разных предприятий и вариантов